笨鸡苗组织滴虫病的病原是组织滴虫，它是一种很小的原虫。该原虫有两种形式：一种是组织型原虫，寄生在细胞里，虫体呈圆形或卵圆形，没有鞭毛，大小约为6-20微米；另一种是肠腔型原虫，寄生在盲肠腔的内容物中，虫体呈阿米巴状，直径为5-30微米，具有一根鞭毛，在显微镜下可以看到鞭毛的运动。随病鸡粪排出的虫体，在外界环境中能生存很久，鸡食入这些虫体便可感染。但主要的传染方式是通过寄生在盲肠的异刺线虫的卵而传播的。当异刺线虫在病鸡体寄生时，其中卵内可带上组织滴虫。异刺线虫卵中约为0.5%带有这种组织滴虫。这些虫在线虫卵的保护下，随粪便排出体外，在外界环境中能生存2-3年。当外界环境条件适宜时，则发育为感染性虫卵。鸡吞食了这样的虫卵后，卵壳被消化，线虫的幼虫和组织滴虫一起被释放出来，共同移行至盲肠部位繁殖，进入血流。线虫幼虫对盲肠粘膜的机械性刺激，促进盲肠肝炎的发生。组织滴虫钻入肠壁繁殖，进入血流，寄生于肝脏。

本病的潜伏期一般为15-20天。病火鸡精神委顿，食欲不振，缩头，羽毛松乱。头皮呈紫蓝色或黑色，所以叫黑头病。病情发展下去，患病火鸡精神沉郁，单个呆立在角落处，站立时双翼下垂，眼闭，头缩进躯体，卷入翅膀下，行走如踩高跷步态。病程通常有两种：一种是最急性病例，常见粪便带血或完全血便，另一种是慢性病例，患病火鸡排淡黄色或淡绿色粪便，这种情况鸡很少见。较大的火鸡慢性病例一般表现消瘦，火鸡体重减轻，鸡很少呈现临床症状。感染组织滴虫后，引起白细胞总数增加，主要是异嗜细胞增多，但在恢复期单核细胞和嗜酸性白细胞显著增加，淋巴细胞、嗜碱性细胞和红细胞总数不变。